难题一、核心期刊论文发表难  站在杂志社的角度讲，能被评上核心期刊本来就不容易，理当珍惜机会，打响品牌，尽最大努力提升收录文章的质量。所以，质量普通或较差的论文，原则上不会予以考虑，这就砍掉了很大一部分人的希望。站在作者的角度讲，为了完成评职称的目标和要求，不得不花尽心思在核心期刊上发表论文，全国少说有近百万人是“刚需”、急需，还有几百万人是先发表了预备着，为以后评职称提前积累竞争的资本。而核心期刊数量不足，要求高，便很容易形成“发表难”.
　　
　　难题二、核心期刊论文发表贵  核心期刊版面有限是毋庸置疑的事实，什么东西缺，什么东西就贵，再简单不过的道理。再者，核心期刊的编辑在审稿时，需要花费大量的精力、人力，隐形成本比较高。另外，百万大军从全国各地蜂拥而来，让谁先进来，让谁后进来，让谁滚蛋，就难免要看下对方的“诚意”,即是否愿意花钱。这体现在一个很明显的现象，你自行投稿，可能好几个月都没有消息。而那些和编辑、杂志社熟的人，或许一个星期就能出结果。还有，你投稿可能要1年以后才出版见刊，而论文发表代理只要半年就能见刊。所以，核心期刊论文发表为何那么贵的原因就是，需求多，而且需要关系费。
　　
　　难题三、核心期刊论文发表慢 一，审稿慢。因为是核心，必须把握好稿件的质量，核心期刊每3年重新评一次，搞不好文章的质量，下一次就可能被踢出核心的队伍。这不仅影响杂志的形象，更要命的是影响杂志社的长远发展。第二，排队发表的论文多。有人经常天真的问：他们不是月刊吗，应该当月就可以发表见刊的啊？这就像买烟一样，某种热销的品牌烟经常断货。烟断货只能等下一批，当月的期刊版面没了，也就只能等下个月，下个月的没了就等下下个月，所以核心期刊的版面经常就排到了半年以后。